1958年下半年，台盟总部和台盟福建省支部筹委会拟在厦门发展地方组织，派吕从周同志到厦门负责联络和协助开展工作，并成立由台盟福建省支部筹委会柯进旺和在厦台胞廖昆维、蔡世兴、刘建寅、叶永青等组成的筹备组。同年底，在中共福建省委、厦门市委统战部和市政协的支持下，厦门市台胞联系小组成立，负责人柯进旺，成员24人为成立台盟地方组织作准备。“文革”期间，台胞联系小组被迫停止活动。

台盟福建省支部在福州召开第一次盟员大会。大会期间，居住在厦门的台胞韩龙门、刘建寅、王耀廷、钟哲亮等4位同志加入台盟组织，柯秀英补办了恢复台盟盟籍的手续。同年4月，由这5位盟员组成台盟厦门市学习小组，钟哲亮任组长。1982年4月台盟福建省支部先后批准了叶庆耀、黄金龙等12位同志入盟。1982年5月，在台盟福建省支部的直接领导下，成立由叶庆耀任组长、钟哲亮任副组长的台盟厦门市分支部筹备组，负责建立台盟组织的筹备工作。

1983年7月20日，台盟厦门市分支部召开第一次盟员大会。厦门市盟员30人参加。 叶庆耀筹备组组长代表台盟厦门市分支部筹备组作《台盟厦门市分支部筹备工作报告》。会议选举叶庆耀、王耀廷、黄金龙等3人为台盟厦门市第一届分支部委员。在分支部委员会第一次会议，台盟福建省支部主委林青山宣布台盟厦门市分支部组成人员名单，任命叶庆耀为主任委员。

1983年12月5日，根据台盟总部第三次盟员代表大会通过的《台湾民主自治同盟章程》的有关规定，将台湾民主自治同盟厦门市分支部更名为台湾民主自治同盟厦门市分部。由于盟员数的增加，为便于工作的开展，1984年12月经台盟厦门市分部委员会（扩大）会议研究，决定增补王观美、曾仁寿为委员。1985年3月，由台盟厦门市分部委员会研究，并报请台盟福建省分部批准，任命王观美、曾仁寿为副主任委员，王耀廷为秘书长。

1986年8月22日至23日，台盟厦门市分部召开第二次盟员大会。叶庆耀致开幕词。曾仁寿致闭幕词。 会议听取并审议通过了王观美副主委代表台盟厦门市分部委员会作题为《为促进祖国和平统一，为厦门经济特区建设做贡献》的工作报告。大会选举叶庆耀等7人为台盟厦门市第二届分部委员。台盟厦门市第二届分部委员会第一次会议选举叶庆耀为主任委员，王观美、曾仁寿为副主任委员，王耀廷为秘书长。

1987年10月27日，台湾民主自治同盟厦门市分部更名为台湾民主自治同盟厦门市委员会，原委员及班子成员不变，叶庆耀任台盟厦门市二届委员会主任委员，王观美、曾仁寿任副主任委员，王耀廷任秘书长。

1991年11月22日至23日，台盟厦门市委召开第三次盟员大会。叶庆耀主委致开幕词，曾雄副主委致闭幕词。

会议听取并审议通过了王观美副主委代表台盟厦门市委二届委员会作题为《加强自身建设，发挥参政党作用》的工作报告。大会选举叶庆耀等7人为台盟厦门市第三届委员会委员。台盟厦门市第三届委员会一次会议选举叶庆耀为台盟厦门市第三届委员会主任委员，王观美、曾雄、郭允谋为副主任委员，王耀廷为秘书长。

1996年10月4日-5日，台盟厦门市委召开第四次盟员大会。叶庆耀主委致开幕词，郭允谋致闭幕词

会议听取并审议通过了曾雄副主委代表盟厦门市委三届委员会作题为《总结经验，开拓进取，为祖国统一大业继续奋斗》的工作报告。会议选举产生了郭允谋等7人为台盟厦门市四届委员会委员。台盟厦门市第四届委员会1次会议选举郭允谋为台盟厦门市第四届委员会主任委员，曾雄、钟哲亮、陈昭强为副主任委员。

2001年12月23日，台盟厦门市委召开第五次盟员大会。郭允谋致开幕词，陈昭强致闭幕词。

会议听取并审议通过了曾雄副主委代表台盟厦门市第四届委员会作题为《继往开来、再创佳绩》的工作报告。会议选举产生陈昭强等9人为台盟厦门市五届委员会委员。台盟厦门市第五届委员会1次会议选举陈昭强为台盟厦门市第五届委员会主任委员，曾雄、陈紫萱、洪国精为副主任委员。

2002年8月曾雄同志办理退休手续，转任兼职副主委。2003年2月因工作需要，陈紫萱同志调台盟机关任专职副主委。2005年7月26日，台盟厦门市委召开五届16次全委会进行届中调整同意曾雄同志辞去台盟厦门市五届委员会委员、副主委职务。

2007年1月16日至17日，台盟厦门市委召开第六次盟员大会。陈紫萱致开幕词，陈昭强致闭幕词。

会议听取并审议通过了陈昭强代表台盟厦门市第五届委员会作题为《开拓创新，建设新时期的参政党》的工作报告。会议选举产生陈昭强等10人为台盟厦门市六届委员会委员。台盟厦门市第六届委员会一次会议选举陈昭强为台盟厦门市第六届委员会主任委员，陈紫萱、洪国精、杨谦、刘奇光为副主任委员。

2010年9月20日，台盟厦门市委召开六届委员会第15次全体会议，对领导班子进行届中调整。同意陈昭强同志因年龄原因辞去台盟市委主委、委员职务，陈紫萱副主委当选为台盟厦门市第六届委员会新一任主任委员。

2011年11月26日至27日，台盟厦门市委召开第七次盟员（代表）大会。洪国精致开幕词，陈紫萱致闭幕词。

会议审议通过了陈紫萱主委代表台盟厦门市第六届委员会作题为《求真务实，锐意进取，不断开创台盟事业新局面》的工作报告。会议选举产生了陈紫萱等13人为台盟厦门市第七届委员会委员。台盟厦门市第七届委员会一次会议选举陈紫萱为台盟厦门市第七届委员会主任委员，杨谦、刘奇光、廖明宏、张秀兰、郭东辉为副主任委员。

2016年12月10日，台湾民主自治同盟厦门市第八次代表大会召开。

大会审议、通过陈紫萱代表台盟厦门市第七届委员会所做题为《凝心聚智 携手前进  为建设“五大发展”示范市履职尽责》的工作报告和《台盟厦门市第八次代表大会决议》，以无记名等额方式选举产生陈紫萱等19人为台盟厦门市第八届委员会委员。台盟厦门市第八届委员会一次会议，选举陈紫萱主任委员，廖明宏、陈敏伟、郑直、许勇铁、郭海峰为副主任委员，陈敏伟兼任秘书长。

2022年1月2日，台湾民主自治同盟厦门市第九次代表大会召开。

大会审议、通过了陈紫萱代表台盟厦门市第八届委员会作题为《履职尽责显作为，同心奋斗新时代》的工作报告，选举陈紫萱等18人为台盟厦门市第九届委员会委员。台盟厦门市第九届委员会一次会议，以无记名方式选举产生台盟市委新一届领导班子，陈紫萱当选为主任委员，陈敏伟、郑直、郭海峰、陈可芳、陈立当选为副主任委员，任命谢益民为秘书长。